16 января 1899 года была утверждена медаль в память открытия Томского университета.
Идея выпуска этой медали принадлежала устроителю Сибирского (Томского) университета, попечителю Западно-Сибирского округа Василию Флоринскому.
Заказ выполнялся на Петербургском монетном дворе, где над ним работали два медальера. Лицевую сторону выполнил Василий Алексеев (внизу у окружности подпись: «В.А.»), оборотную – Авенир Грилихес (на обрезе, справа: «А.ГРИЛИХЕСЪ ОТЕЦЪ Р».).
Памятную медаль не успели изготовить ни на торжества открытия Императорского Томского университета, ни на его первую годовщину. Только в феврале 1889 года Министерство народного просвещения получило в свое распоряжение медали, за изготовление которых университет отправил в Петербург из специальных средств 1086 рублей 50 копеек.
И еще больше года потребовалось, чтобы медаль попала в руки Флоринского: в мае 1890 года он получил один экземпляр особой серебряной медали как дар министерства «устроителю» университета. Попечитель поблагодарил министра Делянова и добавил, что было бы справедливым выслать медали и другим лицам, принимавшим участие в «деле устройства Томского университета».
Дополнительно были переведены денежные средства (49 руб. 60 коп.), и в январе 1891 года в Томск поступили 62 бронзовых медали «для раздачи их по усмотрению Флоринского». Вскоре ее обладателями стали члены бывшего Строительного комитета по возведению зданий Сибирского университета, руководители российских учебных и научных учреждений.
В дальнейшем были отчеканены и медные экземпляры медали, которых были удостоены первые профессора Томского университета. Какой был общий тираж, неизвестно. Можно предположить, что не менее 100 штук.